Durante la temporada 2013 se excavó el cementerio recuperándose 6 esqueletos y protegiendo el área contra la erosión a través de un piso de lajas, se mapeo toda el área con construcciones proponiéndose una nueva poligonal envolvente. En la temporada 2013 se excavó la zona nuclear de la misión, localizándose intacto el edificio en buen estado de conservación, cubierto con una gruesa capa de sedimento. Se obtuvieron muestras de fechamiento, fechándose por carbono dos contextos en diferentes fases constructivas. Se encontraron las primeras evidencias en contexto de consumo de animales europeos en la península. Asimismo se descubrió el primer cementerio al sur de la iglesia, el cuál debe pertenecer a la fase Franciscana. Se continuo con la exploración de entierros en la zona del cementerio, se detectó el límite oeste, se encontraron individuos del momento de la epidemia, un esqueleto mostró signos de sífilis congénita. En la temporada 2014 se exploraron 5 entierros, el área de excavación se cubrió con rocas para protegerla de la erosión. Se inicio el recorrido de superficie en los alrededores de la misión se encontraron 10 sitios arqueológicos. En la misión se localizó un piso de baldosas el cuál posiblemente corresponde a la ocupación franciscana. En la temporada 2015 se continuara con la excavación de la misión, el cementerio y el recorrido de superficie, se construirá alrededor del cementerio un muro de contención con costales de arena, ya que se pronostica fuertes lluvias este año por el fenómeno del niño. Durante la exploración de 2016. Se continuó el pozo excavado al oeste de la capilla a una profundidad de 2 m. se localizó el enlajado de baldosas, lo que indica que sepultaron la ocupación franciscana con un relleno de rocas, huesos y desechos. Se exploró la era. El material arqueológico recuperado es una mezcla de la fase Dominica y ranchera. Se localizó un crucifico bifaz, el más pequeño de los encontrados, una medalla de la virgen del rosario y un anillo, todos ellos de la fase franciscana y dominica. Se continuó con la exploración de la cala 5 en el cementerio, ya que en los dos días finales de la temporada 2015 se descubrió un importante entierro, el 25, con una ofrenda, una pipa de barro yumana, no pudo ser explorado en su totalidad y fue cubierto. El entierro del individuo yumano, es masculino, menor de 20 años, sin procesos patológicos, presento el brazo izquierdo detrás de la espalda, una variante no detectada en las cuatro temporadas anteriores. Un individuo adulto masculino presentó entre las rodillas los restos de un calzado de piel. En total se recobraron 7 individuos primarios y un conjunto de huesos colocados sobre estos entierros. Durante la temporada 2017 el objetivo fue trasladar los materiales arqueológicos a la ciudad de México para catalogación. Se incorporaron al análisis de restos óseos dos series de esqueletos que servirán para comparar como eran las condiciones de vida y la dieta de los indígenas antes de la llegada de los españoles, analizándose la muestra de San José de las Palomas y Jatay, Baja California. Se enviaron muestras de dientes para determinar paleodieta. Asimismo se comenzó con el análisis de los libros parroquiales de San Fernando Velicatá y se realizó una visita al fondo de Baja California del instituto de investigaciones históricas de la Universidad Autónoma de Baja California campus Tijuana, para consultar los documentos en microfilm sobre la antigua California.