La aplicación de métodos geofísicos resulta ser relativamente más económica, más eficiente y rápida en la prospección de un sitio; por otro lado, se puede inferir la funcionalidad y complejidad interna de un sitio arqueológico. Por lo tanto, resulta conveniente su aplicación con el fin de que proyectos de investigación arqueológica puedan programar a futuro excavaciones basándose en la construcción de mapas de anomalías magnéticas, eléctricas, electromagnéticas y modelos 3D de anomalías individuales, tanto de las áreas previamente estudiados como de las inexploradas. Esto con el fin de que se tenga una expectativa más exacta de lo que se puede encontrar y a qué profundidades, aumentando la probabilidad de éxito en la selección de las estrategias del trabajo arqueológico. Por otro lado, existen instrumentos de análisis elemental que permiten determinar la composición geoquímica de diversos materiales, lo que permite realizar la identificación de materias primas, compuestos agregados, autentificación así como los procesos de cambio que han sufrido los materiales. La técnica de Fluorescencia de RX en su modo portátil es un medio para realizar este tipo de análisis sin la necesidad de alterar la pieza ni trasladarla de su sitio original. Otras técnicas importantes son el ICP-MS y FT-IR.