El acervo escultórico de este museo es representativo de la diversidad estilística, técnica e iconográfica, de la escultura en la época del virreinato. Permite los materiales, tendencias y sistemas de trabajo que esta producción artística. La colección de escultura está formada por trabajos de talla, modelado y vaciado, en materiales como la madera, piedra, alabastro, barro, cera, metal, pasta de caña y marfil. Cronológicamente abarca del siglo XVI al XIX. Estos bienes muebles se ubican en salas de exhibición, patios, jardines, y repositorios, así como en dos de los espacios del Colegio que estaban destinados al culto.