Se han realizado actividades para desarrollar varios temas relacionados con la presencia indígena, en particular la otomí en el Bajío oriental, que abarcan aspectos como la vigencia de tradiciones y memoria histórica en la actualidad, la relación de los indios en los primeros tiempos del virreinato con la orden franciscana y la escritura de la historia de esa etapa inicial de poblamiento, el papel de los indios en la configuración del poblamiento en la zona, así como aspectos de la consideración de la historia indígena hacia finales del siglo XVII. Recientemente se ha realizado la transcripción de cuerpos documentales que contienen información del asentamiento inicial y el auge económico y social de la élite indígena.