En 1995 la Subdirección de Arqueología Subacuática dio inicio al proyecto de investigación del navío Nuestra Señora del Juncal, uno de los barcos insignia de la flota de la Nueva España que naufragó durante su tornaviaje en 1631 en la Sonda de Campeche, Golfo de México. La primera fase del proyecto consistió en una intensa investigación de fuentes documentales en acervos históricos, relacionados con la Carrera de Indias y la administración virreinal, tanto en México como en España y Cuba, con el fin de obtener la información necesaria para definir el área potencial de búsqueda del pecio y generar indicadores para la identificación de sus restos materiales. La riqueza del material de archivo localizado llevó a replantear los alcances del estudio, a partir de lo cual el proyecto se transformó en el Proyecto de Investigación de la Flota de la Nueva España de 1630 - 1631. En las primeras temporadas de mar efectuadas en 1997 y 1998 se localizaron y registraron vestigios pertenecientes a otros accidentes marítimos ocurridos en distintos momentos históricos, los cuales constituyen evidencia arqueológica importante para el estudio y comprensión de los procesos navales de cinco siglos de navegación en el Golfo de México. Los resultados derivaron en la ampliación de las perspectivas de investigación del proyecto original, incorporándose la propuesta del inventario y diagnóstico de recursos culturales sumergidos en el Golfo de México, cuyo objetivo es detectar y registrar los restos de embarcaciones que se han accidentado en estas aguas, desde la época de exploración y descubrimientos en el Nuevo Mundo hasta la actualidad. En este inventario se integran la información del registro arqueológico de los sitios, sus diagnósticos y las acciones prioritarias para su protección, investigación y conservación.