El proyecto integral para la protección, conservación, investigación y difusión del Patrimonio Cultural Sumergido de la península de Yucatán se realiza gracias a la fusión de esfuerzos coordinados entre la Subdirección de Arqueología Subacuática (CDMEX y la sede en Campeche) y los centros INAH Campeche, Yucatán y Quintana Roo. Se trata de un proyecto regional que se desarrolla de forma ininterrumpida desde el 2008. A través de éste se llevan a cabo investigaciones en campo y gabinete en torno a la protección, conservación, investigación, difusión y rehabilitación del Patrimonio Cultural Sumergido en aguas marinas e interiores, así como en terrenos ganados al mar de la península de Yucatán. De forma paralela se atienden denuncias, inspecciones y peritajes, se emiten dictámenes y se realizan rescates. Asimismo, se desarrolla el Sistema de Información Geográfico, plataforma para la Carta Arqueológica que integra la información de los casi 400 sitios registrados en la región. Asimismo, se integra la documentación y el registro de los bienes culturales muebles procedentes y/o relacionados con los medios acuáticos que se encuentran en tierra firme, creando catálogos comparativos, diseñando nuevas líneas de investigación y fortaleciendo medidas para su preservación apoyadas en diversas disciplinas. De forma adicional, a través de éste proyecto se gestionan acuerdos de colaboración con diversas instituciones gubernamentales, académicas y de la sociedad civil. Se cuenta con un programa de capacitación constante de los recursos humanos, así como con uno de servicio social que involucra a las nuevas generaciones de estudiantes. La difusión de los productos se lleva a cabo de forma paralela a distintos niveles y se promueven a través de medios impresos, masivos y electrónicos.