Desde 1958 los cuicillos de El Rosario fueron mencionados (sin un nombre específico) en un reporte que sobre las excavaciones en la exhacienda de La Estancia realizó el arqueólogo Roberto Gallegos, mencionando además, el alto grado de destrucción de los montículos, misma que atribuyó a la extracción de piedra para la construcción de la cortina de una presa, que suponemos sea la de la presa Hidalgo. En 1975, el arqueólogo Enrique Nalda presentó su tesis profesional, en la que se dan a conocer los resultados de sus investigaciones en el Valle de San Juan del Río. El Rosario fue registado con la clave UR 35 y solamente se realizaron reconocimientos de superficie en este sitio. A fines de la década de 1980, en 1987 especificamente, El Rosario fue registrado oficialmente en el Atlas Arqueológico Nacional con la clave F14C7622014. En 1993 se realizó una inspección en El Rosario por parte de arqueólogos del Centro INAH Querétaro dado que había sido reportada la presencia de pintura mural policromado en un socavón en la ladera media del montículo mayor. En 1995 dicho socavón sufrió el desplome de parte de su techo y dejó al descubierto otra parte del mural policromado. Se efectuó la consolidación de las pinturas y se rellenó el socavón. Además se realizaron dos excavaciones y la limpieza de los cortes de un pozo de saqueo. En 2003 se formó en el centro del montículo mayor un socavón de 5 metros de diámetro y aproximadamente 7 metros de profundidad, que dejó expuestos los pisos y paredes correspondientes a 4 etapas constructivas, mismas que fueron registradas a principios del 2004, cuando además se recuperaron muestras de carbón de cada una de las etapas constructivas para su fechamiento. Durante el 2009 se efectuaron trabajos de excavación en el montículo mayor, incluyendo la liberación, registro, consolidación y reenterramiento de los murales policromados, mismos que corresponden a un pórtico de la primera etapa constructiva del edificio. también se excavó el pórtico de la segunda etapa constructiva, cuyas paredes contenían graffiti prehispánicos. La excavación de la tercera etapa constructiva permitió la liberación de los muros del recinto y parte del pórtico y sobre el piso se encontraron los vestigios de un incendio seguramente provocado para la realización de un ritual de abandono del sitio hacia 650 d.C. sobre el piso y bajo los carbones y cenizas se localizaron objetos como cuchillos curvos de obsidiana, puntas de proyectil, fragmentos grades de braseros y fragmentos quemados de textiles entre otros. Los resultados de estas excavaciones indican que el edificio tiene cuatro etapas constructivas las tres primeras realizadas por grupos a fines a los teotihuacanos (entre 250 y 650 d.C.) y la tercera por grupos diferentes entre 750 y 950 d.C.