El Programa, desde 1999 a la fecha, se ha desarrollado en tres etapas. Dentro de la tercera etapa, la undécima línea de investigación concluyó en el año 2017. El objetivo general del Programa es investigar, documentar y divulgar los conocimientos antropológicos y etnográficos, producto del trabajo colectivo realizado en determinadas regiones indígenas de México. El Programa está organizado en equipos regionales que realizan investigaciones simultáneas en torno a un eje temático de investigación, que para el año 2018 será "Reflexiones de las regiones indígenas de México a dos décadas del Programa Nacional Etnografía de las Regiones Indígenas de México en el Nuevo Milenio"; esta línea de investigación se llevará a cabo durante el año 2018, dentro del cual se calendarizarán actividades y entregas de productos asociados al desarrollo de ésta. A partir de la temática reflexiva de la "región étnica", se analizaran los principales productos y resultados derivados de las investigaciones emprendidas por el Programa en sus 20 años de vigencia, generando investigación documental y etnográfica que permita sistematizar los principales aportes del equipo regional Querétaro-Gto a la discusión de la categoría "región" en el estudio de los pueblos indígenas con presencia en Querétaro, enfatizando algunos vínculos socioespaciales que éstos establecen con zonas limítrofes de entidades vecinas como Guanajuato, San Luis Potosí, Hidalgo y Estado de México. Para ello se definirá un protocolo de investigación donde se acoten problemáticas de investigación, objetivos, hipótesis, una aproximación teórico-conceptual, así como rutas de trabajo en las que se definan y calendaricen actividades de investigación como la conformación de corpus documentales, ejercicios etnográficos, revisión de material bibliográfico e historiográfico, desarrollo de cartografías regionales, además de la sistematización de la información obtenida para su posterior tratamiento en la redacción de un ensayo reflexivo etnográfico. El análisis de la categoría "región" permitirá abordar críticamente los alcances y límites (teóricos-metodológicos) que tal herramienta interpretativa representa para el abordaje y comprensión de los procesos contemporáneos de los pueblos indígenas. Una parte importante del ejercicio buscará subrayar en la composición plural, heterogénea e histórica al interior de las denominadas regiones indígenas, al tiempo que se visibilizarán sistemáticamente las posiciones estructurales que asumen estas regiones étnicas en términos de vínculos multidimensionales a escalas múltiples. Estas posiciones estructurales también permitirán reconocer las dinámicas de articulación, integración o interpelación de procesos detonados por instituciones diversas, aspectos que nos permitirán dialogar y reflexionar estrechamente con las categorías de "territorio" y lo "indígena". A la par de estos ejercicios, se buscará generar y fortalecer vínculos con académicos, gobiernos en sus diferentes niveles y sociedad civil, con la finalidad de socializar los resultados de la investigación, así como para construir escenarios de dialogo donde se discutan y se sensibilicen los temas tratados.